《忍者神龟2003》改编自经典漫画，讲述了纽约下水道中四只变异乌龟与老鼠师父斯普林特的传奇故事。斯普林特原为忍者大师滨户良的宠物，因模仿主人练功而意外习得高超忍术。滨户良被邪恶的施瑞德杀害后，斯普林特流浪街头，遇到四只因接触放射性粘液而变异成半人半龟的小龟，遂收养它们并倾囊相授。四只乌龟以文艺复兴艺术家命名：达芬奇是冷静的领袖，拉斐尔暴躁却勇猛，多纳泰罗是天才发明家，米开朗琪罗则活泼贪吃。他们隐居在纽约下水道，自制武器与训练器材，白天钻研武艺与科技，夜晚则现身城市街道，打击犯罪。故事主线围绕师徒五人与施瑞德及其忍者军团的长期对抗展开。施瑞德妄图通过神秘科技与古老秘术控制纽约，而神龟们不仅要应对街头黑帮、变异怪物，还要破解施瑞德背后的阴谋。此外，女记者爱普莉尔和神秘义警凯西·琼斯成为他们的盟友，共同揭露城市暗处的真相。该剧融合动作、幽默与成长主题，每只神龟都有鲜明的性格成长线，斯普林特亦在战斗中逐渐追溯自己的忍者起源。随着敌人不断升级，神龟们必须团结一致，在守护正义的同时，也守护他们来之不易的“家庭”羁绊。