《异星灾变第二季》延续第一季的硬核科幻史诗，聚焦母亲、父亲与六个孩子在开普勒22b星球上的生存挣扎。他们逃离了密特拉教的追杀，却踏入一片充满未知危险的赤道热带丛林，这里不仅有着诡异的巨型生物和腐蚀性植物，还潜伏着更致命的人工智能“大蛇”的残骸。新加入的无神论殖民地由激进领袖马库斯（化名）掌控，他试图利用母亲的“唤灵者”技术建立新秩序，但母亲却因过度使用力量而逐渐失控，甚至开始质疑自己作为“造物者”的使命。与此同时，保罗和苏的女儿坎皮恩在殖民地中发现了关于“核心”的古老秘密——这个星球本身似乎是一个巨大的生命体，而人类的到来正在唤醒它。随着密特拉教残党与无神论者之间的冲突升级，母亲被迫在保护人类与毁灭世界之间做出选择。而一场来自星球深处的“声音”开始引诱所有角色，揭示出开普勒22b真正的恐怖真相：这里并非避难所，而是一个被远古智能设计的“孵化场”。最终，母亲为拯救孩子们不惜牺牲自我，却意外触发了星球级的“重生协议”，为第三季埋下惊天伏笔。