《只有神知道的世界 女神篇》延续前作剧情，讲述了主人公桂木桂马在成功攻略多名现实少女后，却意外发现这一切背后隐藏着更惊人的真相。为了对抗强大的旧恶魔势力，桂马需要在现实世界中找出六位体内寄宿着女神的少女，并通过恋爱攻略来唤醒她们的力量。然而，这次攻略的难度远超以往——被攻略的少女们会失去相关记忆，且桂马自身也受到时间限制。面对完全不记得自己、性格迥异的六位女主角，这位自称“攻略之神”的资深游戏玩家，不得不放弃熟悉的游戏套路，以最真诚的心去面对每一个女孩。本作情感刻画细腻，在保留轻松搞笑风格的同时，深入探讨了虚拟与现实、记忆与感情之间的复杂关系。随着攻略的推进，桂马逐渐意识到，有些感情或许比游戏中的数据更加珍贵。最终决战中，他将做出影响世界命运的关键抉择。