《忍之一时》讲述高中生时野里樱原本坚信忍者只存在于虚构故事中，与青梅竹马过着平淡而温馨的校园生活。然而，某日放学途中，他突遭一群黑衣忍者袭击，生命垂危之际，一名自称甲贺流派少女的忍者及时现身救下他。 少女告知樱，他其实是伊贺忍者家族的后裔，体内流淌着隐秘血脉，而袭击者正是伊贺宿敌甲贺派来的刺客。樱的平静生活从此崩塌，被迫接受自己无法逃离的忍者身份，进入培养忍者的秘密学园“户隐学园”学习忍术。 在学园中，樱结识了性格各异的同门，也逐渐了解到伊贺与甲贺之间延续数百年的仇恨与阴谋。他既想回归普通生活，又不得不直面作为忍者的责任与危险。随着袭击不断升级，樱发现自己的身世背后隐藏着更惊人的秘密，而这场争斗或许与他父母的失踪有关。 面对友情、爱情与使命的抉择，樱必须学会驾驭体内潜藏的忍力，在刀与影交织的现实里，寻找属于自己的生存之道。