《金刚狼与X战警》以一场毁灭性的爆炸开场，X学院化为废墟，X教授与琴·葛蕾神秘失踪，X战警团队随之分崩离析。一年后，人类社会对变种人的恐惧与敌意达到顶峰，政府成立“变种人应对部”（M.R.D.），大规模围捕和囚禁变种人，社会氛围日益紧张。与此同时，万磁王在吉诺沙岛建立独立的变种人国家，以强硬军事手段捍卫同胞权益，与人类政府形成对峙。在如此动荡的时局下，金刚狼被迫走出隐居生活，重新召集散落各地的X战警成员，包括暴风女、野兽、冰人等，试图重建团队并寻找失踪的X教授。他不仅要应对M.R.D.的追捕和万磁王的激进路线，还要直面来自未来的警告——在一条被哨兵机器人统治的末日时间线中，变种人几乎灭绝，而唯一能改变这一切的线索，就藏在X教授失踪的真相背后。随着调查深入，金刚狼发现爆炸背后隐藏着巨大的阴谋，涉及时间旅行、平行现实和变种人命运的终极抉择。他必须在拯救当下与改写未来之间做出艰难取舍，同时团结分歧重重的X战警，共同对抗人类、变种人内部叛徒以及来自未来的致命威胁。这部动画以动作、悬疑与情感交织，重新诠释了X战警的经典冲突与英雄精神。