本片讲述《马达加斯加》系列中人气极高的四只企鹅——老大斯基pper、科瓦斯基、菜鸟普里瓦特和爆破狂里科——从马达加斯加返回纽约动物园后的全新冒险。它们表面上是普通企鹅，实则是训练有素的特工小队，在动物园地下建立了秘密基地，执行各种匪夷所思的任务。当一只神秘而邪恶的章鱼博士戴夫出现时，企鹅们发现它正策划一项针对全球企鹅的复仇计划。戴夫因过去被动物园忽视而心生怨恨，企图用可怕装置把所有企鹅变成怪物。企鹅小队必须与特工组织“北风”合作，从威尼斯水城到纽约街头，展开一场笑料百出又紧张刺激的追逐战。影片延续了系列一贯的幽默风格，企鹅们性格鲜明，台词犀利，动作场面充满想象力。在爆笑之余，也展现了团队信任与友谊的可贵。最终，企鹅们凭借默契配合与无畏勇气，粉碎了戴夫的阴谋，守护了全世界企鹅的未来。