本作是《假面骑士01》的衍生外传，以不破谏（假面骑士巴尔坎）与刃唯阿（假面骑士瓦尔基里）为主角。故事发生在主线结局之后，两人本已回归平静生活，却因新型人体改造事件再度陷入战斗。不破谏体内的“矛盾”觉醒，使他面临失控危机；刃唯阿则要面对曾身为AI特工的记忆残影。新敌人“假面骑士主脑”操控着旧世代数据，企图重启亚克系统。两位骑士在互相猜忌与信任中并肩作战，最终揭开“灭亡迅雷”遗留下的最后阴谋。影片以双主角视角展开，既补完了TV中未解的伏笔，也深入探讨了“人类与骑士系统共存”的主题。高燃的打斗与情感羁绊并重，为01系列画上又一道亮色。