高中生侦探工藤新一因目击黑衣组织交易而被灌下毒药，身体缩小为小学生模样。为避免身份暴露连累身边人，他化名江户川柯南，转学至帝丹小学，并寄住在青梅竹马毛利兰家中，暗中协助经营侦探事务所的毛利小五郎破案。阿笠博士为他量身打造的蝴蝶结变声器、手表型麻醉枪、脚力增强鞋等装备，成为他隐藏身份、侦破案件的关键道具。柯南以“沉睡的小五郎”之名屡破奇案，却始终未停止追查黑衣组织。在灰原哀、少年侦探团等伙伴的陪伴下，他一边经历欢乐的校园生活，一边在命案与谜题中游走，用孩子的外表和成人的头脑，守护真相与珍视之人。本作中配版由专业配音团队倾情演绎，生动呈现角色性格，让观众重温经典推理冒险，感受柯南与黑衣组织交锋的紧张刺激，以及隐藏在日常之下的勇气与温情。