在新托比亚，人类与MS和平共处。某天，邪恶军团“暗黑亚古捷斯”的先锋渣古率领渣古兵团入侵，打破宁静。少年阿修在危急时刻无意中启动了沉睡的MS“队长高达”，并在其帮助下击败先锋渣古军团，由此意识到必须集结力量才能对抗强敌。为了抵御暗黑亚古捷斯的野心，阿修与队长高达正式成立“SD高达战队”。此后，来自异空间的战士翼之骑士零和炎之武者爆热丸，为解救故乡危机来到新托比亚，也加入战队。他们各自拥有独特的战斗方式和力量，与队长高达并肩作战，在一次次战斗中培养起深厚羁绊。面对暗黑亚古捷斯的不断侵扰，战队成员团结一心，迎向更强大的敌人。他们不仅要守护新托比亚的和平，也要揭开隐藏在黑暗背后的真正阴谋，展开热血而精彩的冒险故事。