剧场版《宇宙战队球连者VS宇宙小队》讲述了地球面临空前危机的故事。巨大的彗星兵器“盖斯之星”正以不可阻挡之势袭来，留给人类的时间只剩下短短72小时。面对这场毁灭性灾难，球连者们得知唯一的希望是唤醒传说中守护宇宙的魔兽刻耳柏洛斯，而唤醒它的关键，则是三颗散落在宇宙各处的神秘之石“刻耳柏洛斯之石”。与此同时，另一支活跃在宇宙中的战斗团队——宇宙小队也在追寻同样的目标。双方目标看似一致，却因理念与立场不同而频频产生碰撞。在争夺石头的过程中，他们逐渐发现盖斯之星背后隐藏着更大的阴谋。宇宙小队所保护的秘密，与球连者们肩负的使命，其实指向同一个真相。为了在有限时间内阻止地球毁灭，两支队伍必须放下成见，跨越信任的鸿沟。他们各自展现出的勇气、友情与牺牲精神，将成为唤醒奇迹的关键。激烈的宇宙战斗、震撼的特效场面，以及角色们真挚的情感交织在一起，构成这部热血而感人的联动篇章。