法医宋慈赴任通古县县令，尚未坐稳公堂，便有黑衣人潜入县衙盗取绝命诗案卷宗。三年前一桩被草草定论的冤案由此重见天日，而召文阁内又现新案——数名书生相继惨死，死状各异，唯一相同的是身旁都留有一首绝命诗，民间顿起“诗魂索命”之谣。宋慈亲验尸骸，发现死者五官内残留异样粉末，指甲泛青，显非自尽。他翻查旧档，发现三名亡故书生当年曾联手调查前朝贡银失窃之谜，卷宗却被人恶意撕毁。随着调查深入，当朝主考官及地方豪绅相继卷入，一场围绕科举舞弊与官场倾轧的惊天阴谋逐渐揭开。为破诗谜，宋慈假扮书生潜入书院，从诗内暗嵌的字谜中找出第四位幸存者。最终，他在城隍庙设局，逼真凶暴露出马脚。真凶竟是当年负责结案的县尉，为掩盖受贿替考之罪，连续毒杀知情者，并伪造绝命诗嫁祸神鬼。宋慈以铁证将其绳之以法，沉冤得雪，朗朗乾坤终还公道。