数码世界曾因光明兽的暴政陷入黑暗，古代十斗士牺牲自我将其封印，留下蕴含着十种属性的斗士之魂，由三大天使守护。多年后，光明兽的邪恶力量再度蠢蠢欲动，三大天使之一基路比兽堕落，企图夺取斗士之魂毁灭世界。现实世界少年神原拓也、源辉二等人被意外卷入数码世界，获得了使用斗士之魂进化的能力。他们可以变身为火神兽、野狼兽等古代斗士形态，并不断获取新的斗士之魂，掌握炎、冰、雷、风、土、木、水、钢、光、暗等多元力量。面对黑暗势力的重重阻挠，拓也一行人与友善的数码兽伙伴并肩作战。他们不仅要对抗被操控的数码兽，还要揭示光明兽复活的阴谋。在一次次战斗中，他们逐渐领悟斗士之魂的真谛，完成从人类到英雄的蜕变，最终集结十斗士之力，与光明兽展开终极决战，为数码世界带来真正的和平。