《苍蓝钢铁的琶音》以2039年为背景，全球变暖使海平面急剧上升，人类失去大片陆地。谜之军舰群“雾之舰队”突然出现在世界各地海洋，以超兵器攻击人类船舰。人类投入全部战力发起最终决战“大海战”，却在“雾”的压倒性武力前脆弱落败，海洋被彻底封锁。多年后，少年千早群像与伙伴们驾驶潜艇“伊-401”对抗“雾之舰队”。他们与拥有少女形态的“雾”之战舰心智模型相遇，如高雄、榛名等，逐渐发现“雾”并非单纯敌人，而是拥有情感与自我意识的存在。群像等人为夺回海洋与人类未来，展开一场关乎信念与生存的海洋战争。